軍機處關防極嚴，不但嚴禁太監走近軍機處迴廊，橫街東端值房的高级官員亦不准接近。軍機處由皇帝委任親王為首席軍機大臣統領，下設：軍機大臣、在軍機大臣上行走，軍機大臣上學習行走及軍機章京 (專職機關諮文，又稱小軍機) 等職務。

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軍機處主要成員為軍機大臣及軍機章京。軍機大臣員額無定，最少時以三員為度，最多不超過十員，通常為四至七員，尤以五至六員為最常，由親王、大學士、尚書、侍郎或京堂充任軍機大臣，通稱大軍機。設首席軍機大臣，或稱領班軍機大臣，一般由滿族親王或大學士擔任。

其他任職者，按各人資歷分別被任命為軍機處行走、大臣上行走、大臣上學習行走等。軍機大臣須每天值班，等候皇帝隨時召見。另選內閣中書等官充軍機章京，通稱小軍機，滿漢各半，掌繕寫諭旨、記載檔案、查核奏議。

軍機處具體職掌為：撰擬諭旨和處理奏摺；議大政，議後提出處理意見，奏報皇帝裁奪；讞大獄，參與重大案件審擬；參與對重要官員的任免和考核；隨侍皇帝出巡，奉旨出京查辦事件等，用字寄上諭的名義對各地各部官員發布指令，凡特旨簡放大員，如大學士、六部、九卿、督撫、將軍、提督、學差、主考及駐外使臣，皆由軍機處開單請旨。

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軍機處沒有專官，軍機大臣、軍機章京都是以原官兼職，皇帝可以隨時令其離開軍機處，回本衙門。軍機大臣既無品級，也無俸祿。軍機大臣之任命，並無制度上的規定可供遵循，完全出於皇帝的自由意志。軍機大臣的職務也沒有製度上的規定，一切都是皇帝臨時交辦的，所以軍機大臣只是承旨辦事而已。 “只供傳述繕撰，而不能稍有贊畫於其間”，這些都說明軍機處是皇帝集權的最好的工具。

軍機處實際上是皇帝的秘書機構，軍機大臣職責是向皇帝提出建議，執行皇帝的政策，決策權完全在皇帝身上。因此軍機處並不是中央的最高行政機關，充其量只能說是皇帝用作行使權力的執行機關。

軍機處還有一項較少為人知道的職能是增加皇家收入。  一般朝廷罰款皆由吏部定奪，由戶部追討。而獲罪官員時另有自議罰款的形式 (不入國庫而歸宮廷內務府作為後宮收入)，則由軍機處查催。部分收入來自官員剝削百姓，借題案罪，以便分潤 [效敬] 皇上，付款有時還可議價或分期。
 

每日各部奏摺，必於寅卯二時發下，軍機處章京分送各軍機大臣奉閱。從軍機處經內右門進入後廷養心殿，奉皇帝口諭，如此返回草擬審閱，謄正之後再下達全國，均不出一個時辰，效率非常之高。皇帝離宮時，當值軍機亦會隨行，以免殆誤國事。

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征軍機處走到遵養門一共九十七步，從遵養門走到養心門只需七十三部。由此可見，將軍機處設於養心殿之南端對於處理軍機大事之效率的確大大提升。​

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